از وقایعی که در زمان حیات آیت‌الله بروجردی روی داد، دستگیری و محاکمه‌ فداییان اسلام در آذرماه 1334 بود. گرچه همه قراین و شواهد حکایت از آن داشت که‌ آنان به شهادت خواهند رسید، اما آیت‌الله بروجردی گمان می‌کرد که دولت تنها به‌ محاکمه آنان اکتفا خواهد کرد. لذا هیچ گونه اقدامی جهت تخفیف حکم دادگاه انجام‌ نداد. ولی امام به دلیل اینکه حفظ مرجعیت آیت‌الله بروجردی را شرعاً لازم می‌دانستند ـ ‌ لذا با موضع انتقادی و بعضاً پرخاشگرانه فدائیان اسلام نسبت به آیت‌الله بروجردی و‌ بعداً آیت‌الله کاشانی، نمی‌توانستند موافق باشند، ولی سکوت را نیز در مقابل اعدام آنها‌ جایز نمی‌دانستند ـ برای جلوگیری از اعدام آنها شخصاً اقداماتی کردند. امام به حسب‌ وظیفۀ شرعی خود به سه نفر از رجال کشور (قائم مقام رفیع، بهبهانی و صدرالاشراف)‌ که از اعتبار و وجاهت بیشتری برخوردار بودند، نامه‌های جداگانه‌ای نوشتند و با مقدمه‌ و ادلّه‌ای که آوردند از آنها خواستند مانع اعدام فداییان اسلام بشوند.