یکی از پر دردسرترین و جنجالی‌ترین محاکمات ما، همان محاکمه هویدا بود. ما در دادگاه مرتباً با کارشکنیهای دولت موقت بازرگان روبرو بودیم، زیرا اعضای این دولت تقریباً با اعدام هویدا مخالف بودند. یدالله سحابی می‌‌گفت اگر خلخالی هویدا را اعدام کند، نخست وزیر‌ کُشی در ایران امری عادی خواهد شد و ممکن است پس از شکست انقلاب ما را هم بکشند. بازرگان سرسختانه با اعدام هویدا مخالفت می‌‌کرد و برای جلوگیری از اعدام او سخت در تلاش بود و به من گفت شما نباید هویدا را اعدام کنید، چون می‌‌گویند او در سازمان ملل و اروپا طرفداران زیادی دارد و این را امام هم می‌‌گوید. من این موضوع را از امام پرسیدم. ایشان فرمودند من چنین مطلبی را نگفته‌ام. . آیت‌الله خلخالی – روزنامه سلام – 2 / 7 / 71.