از همان اول در امام خصوصیاتی دیده می‌شد که در هیچ‌یک از علما دیده‌ نمی‌شد. از جمله وقتی در زمان آقای بروجردی دو سه نفر از ایران در کنفرانس وین‌ شرکت کرده بودند که یکی از آنها روحانی، به نام سیدعلی‌اکبر برقعی بود، توده‌ایها از‌ آمدن برقعی به قم خیلی سوء استفاده نمودند و علیه اسلام و روحانیت و مسلمین‌ تظاهراتی کرده بودند. آقای بروجردی برای حل این مسأله در قم، امام را به عنوان‌ نمایندۀ خودشان معرفی کردند. امام پیشنهاد کردند آقای برقعی باید از قم برود و او به‌ یزد تبعید شد. امام در زمان مرجعیت آقای بروجردی درکارها اظهارنظر نمی‌کردند. البته‌ در مسائل حساس تذکراتی به ایشان می‌دادند.