رژیم عراق بر آن بود که به روحانیان حوزه نجف بباوراند که اگر با رژیم سر سازش و دوستی داشته باشند، آن حوزه پایدار و استوار می‌‌ماند وگرنه آن حوزه فرو می‌‌پاشد، آنها برای پیشبرد این نقشه با آقای خویی به گفتگو نشستند و به او پیشنهاد کردند که اگر می‌‌خواهید این حوزه پایدار بماند باید در آن برنامه و نظم پدید آید، تاریخ آمدن محصلین علوم اسلامی به این حوزه، مدت زیستن و چگونگی تحصیل آنان مشخص گردد، اگر چنین برنامه‌ای برای حوزه نجف در نظر گرفته شود، رژیم عراق نه تنها اندیشه از هم پاشیدن این حوزه را از سر بیرون خواهد کرد بلکه از نظر امکانات مادی، رفاهی و تبلیغاتی نیز این حوزه را نیرومند خواهد ساخت. آقای خویی روی ساده‌اندیشی و خوش‌باوری خود این پیشنهاد را پذیرفت و بر آن شد که در حوزه نجف نظم و تشکیلات مورد دلخواه رژیم عراق را پدید آورد و چون به تنهایی توان این کار را نداشت، پسر خود سید علی خویی را به نزد امام فرستاد تا ایشان را نیز برای پیاده کردن این پیشنهاد رژیم بعث عراق با خود همراه و همگام سازد. لیکن امام این پیشنهاد را به شدت رد کرد و آن را توطئه‌ای از سوی بعثی‌های عراق برای سلب استقلال علما و روحانیون و زیر سلطه قرار دادن حوزه نجف دانست. آقای سید علی خوئی اظهار داشت: اگر ما در حوزه نجف نظم و برنامه‌ای پدید نیاوریم آنان این حوزه را از میان خواهند برد. امام پاسخ داد: از میان ببرند. نامبرده پرسید: در آن صورت پاسخ جهان تشیع را چگونه خواهیم داد، آیا می‌‌گوئیم به ما می‌‌گفتند در حوزه خود نظم داشته باشید نپذیرفتیم و اجازه دادیم که حوزه هزار ساله نجف از هم فرو پاشد؟! امام پاسخ داد: می‌‌گوئیم نقشه داشتند که به نام نظم و برنامه، استقلال هزار ساله حوزه و علمای شیعه را سلب کنند و حوزه را زیر سلطه خود درآورند ما نپذیرفتیم و ایمان داشتیم و داریم که حوزه اگر از هم فرو پاشد بهتر از آن است که به شکل پایگاه بعثی‌های ملحد و دیگر دشمنان اسلام قرار گیرد و استقلال هزار ساله علما و روحانیون از میان برود. آقای خویی که با این موضع امام روبرو شد به رژیم بعث عراق پیغام داد که «خمینی» با پدید آمدن هر گونه نظم و تشکیلاتی در حوزه مخالف است و من به تنهایی نیز توان چنین کاری را ندارم. . نهضت امام خمینی – ج 3 – ص 490