زمانی که امام در نجف مشرف بودند قضیه اختلاف ایران و عراق بر سر نوار مرزی و اروند رود اتفاق افتاد. حکومت بعثی خواست نوشته‌هایی از علمای حوزه نجف بر علیه حکومت جبار ایران بگیرد. آنها پیش خود خیال می‌کردند که امام چون تبعیدی هستند و دل پرخونی از حکومت شاه دارند حتماً برای انتقام از شاه اعلامیه بلند بالایی به نفع حزب بعث خواهند نوشت. ولی امام با صراحت لهجه در جلسه‌ای که استاندار کربلا و رییس ساواک و رییس شهربانی و فرماندار نجف به آنها فرمودند: «دولت ایران غلط کرد، شما هم غلط کردید. این مطلب مربوط به مراجع شیعه و مربوط به حوزه نمی‌شود که بیایند برای شما نوشته‌ای بدهند. خودتان بروید حلش کنید.» پس از پرخاش امام مزدوران بعثی برآشفتند. یکی از همان حاضرین در جلسه گفت: «فردا ایشان را از نجف بیرون می‌کنیم.» این سخن که به گوش امام رسید فرمودند: «اینها خیال می‌کنند من در اینجا دل خوشی دارم در جایی که اسلام علناً سرکوب می‌شود، نوامیس اسلام نادیده گرفته می‌شود و حرمت اسلام نگه داشته نمی‌شود، چه جای زندگی است؟ این گذرنامه من، هرجا خواستید مرا بفرستید هر جا بروم بهتر از اینجاست. من در جایی راحتم که در آنجا مسلمین در رفاه باشند. من در اینجا چه دلخوشی دارم». و این در حالی بود که بعضی از آقایان مراجع از طرز برخورد امام با بعثیها ناراحت و نگران بودند که نکند فردا هیأت حاکمه با زره‌پوش و لشکر مجهز به نجف اشرف یورش برده و آنها را نابود کند! . حجة‌الاسلام والمسلمین کریمی – پاسدار اسلام – ش 11، ص 46