امام با وجود مرجعیت آیت‌الله بروجردی هیچ‌وقت موضعگیری علنی نمی‌کردند؛‌ یعنی مصلحت نمی‌دانستند. در آن زمان، ایشان به منزل آیت‌الله بروجردی می‌رفتند. در‌ کارهای مهم، آیت‌الله بروجردی با امام مشورت می‌کردند. حتی در سفری که مرحوم‌ بروجردی به مشهد مشرف شدند، امام را به عنوان وکیلشان در قم قرار دادند. البته بعدها‌ این ارتباط هم قطع شد و امام دیگر در کارهای آیت‌الله بروجردی دخالت نمی‌کردند و‌ در هیچ کاری اظهار نظر رسمی نمی‌کردند و می‌گفتند فایده ندارد و خودم مورد اتهام‌ قرار می‌گیرم، تا آنجا که حتی نماز جماعت را قبول نکردند. طوماری را برای آیت‌الله‌ بروجردی امضا کردیم که با توجه به اینکه شما نمی‌توانید به نماز بیایید امر بفرمایید‌ آیت‌الله خمینی به نماز بیایند. طلبه‌ها می‌خواهند پشت سر ایشان اقتدا کنند. امام مرا‌ خواستند و گفتند: «این طومار را ندهید. به من چه کار دارید، من می‌خواهم درسم را بخوانم. من‌ یک طلبه هستم».