امام به شخصیت علمی فرزندشان احترام می‌‌گذاشتند. مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی را یک صاحب‌نظر و یک فیلسوف و مجتهد می‌‌شناختند ولی هیچگاه اجازه نمی‌دادند آن مرحوم در خط‌مشی مبارزاتی ایشان دخالت کند و حتی اجازه سخنگویی از طرف خودشان را به والاترین و برجسته‌ترین شخص مثل مرحوم حاج آقا مصطفی نمی‌دادند. . حجةالاسلام والمسلمین سید محمود دعایی – پیام انقلاب – ش 18 – ص 48.