از تأثیراتی که امام روی وضع تحصیل شاگردانشان گذاشتند این بود که معمولاً‌ توصیه می‌کردند طلبه‌ها فکر کنند و قناعت نکنند به اینکه کتاب را بخوانند یا مطالبی را‌ که در درس یادداشت کرده‌اند به طور سطحی مرور کنند. امام همیشه می‌گفتند: «وقتی‌ چیزی را از استاد گرفتید، بعد از مدتی بروید رویش فکر کنید. مثلاً هر شب چراغ را‌ خاموش کنید و به جای اینکه کتاب بخوانید، بنشینید و فکر کنید تا اینکه مطلب را‌ توی ذهن خودتان کاملاً پخته کنید و همۀ جوانب موضوع را با فکر و تعمق جذب‌ کنید».