از وقایعى که در زمان حیات آیت‌الله بروجردى روى داد، دستگیرى و محاکمه فدائیان اسلام در آذر ماه سال 34 بود. گرچه همه قرائن و شواهد حکایت از آن داشت که آنان به شهادت خواهند رسید، اما آیت‌الله بروجردى گمان مى‌کرد که دولت تنها به محاکمه آنها اکتفا خواهد کرد؛ لذا هیچگونه اقدامى جهت تخفیف حکم دادگاه انجام نداد. اما موضع امام در این باره قابل تامل است. ایشان به دلیل آنکه حفظ مرجعیت آیت‌الله بروجردى را شرعا لازم مى‌دانست، بنابراین با موضع انتقادى و بعضا پرخاشگرانه فدائیان اسلام نسبت به آیت‌الله بروجردى و بعدها آیت‌الله کاشانى نمى‌توانست موافق باشد؛ ولى سکوت را نیز در مقابل اعدام آنها جائز نمى‌دانست. لذا براى جلوگیرى از حکم اعدام فدائیان اسلام اقدامى از طرف آیت‌الله بروجردى صورت نگرفت، برحسب وظیفه شرعى خود به سه نفر از رجال کشور (قائم مقام رفیع، بهبهانى و صدرالاشراف) که از اعتبار و وجاهت نسبى بیشترى برخوردار بودند، نامه‌هاى جداگانه‌اى نوشت و با مقدمه و ادله‌اى که آورد از آنها خواست مانع اعدام فدائیان اسلام شوند، اما جز یک نفر که پاسخى کودکانه نوشت، پاسخ دیگرى دریافت نشد. . رجبى، محمدحسن؛ زندگى‌نامه سیاسى امام خمینى(س)؛ ج 1، ص 162.