در قضیه اعدام شهید نواب صفوی و سایر اعضای فداییان اسلام، امام از مرحوم‌ آقای بروجردی و مراجع دلخور شدند که چرا موضع تندی بر علیه دستگاه شاه نگرفته‌اند‌ و اینها را نجات ندادند. امام در این قضیه خیلی صدمه روحی خوردند. در آن اوضاع و‌ احوال از دید متحجرین، مبارزه با شاه ننگ بود. آنها استدلال می‌کردند حالا که بناست‌ یک روحانی اعدام بشود لباس روحانی را از تن او در بیاورید که به مقام روحانیتش‌ اهانت نشود. ولی درست نقطه مقابل تفکر امام بود که اعتقاد داشتند روحانی باید با‌ کسوت مقدس روحانیت شهید بشود تا مردم بفهمند و آگاه بشوند که اینها در صحنه‌ هستند.