پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا، فرماندهی سپاه پاسداران نیز تغییر کرد. اولین جلسه شورای عالی سپاه با ترکیب جدید در حضور حضرت امام تشکیل شد (در سال 1361). در این جلسه افرادی چون شهید محلاتی، فرمانده سپاه و مسؤولان واحدهای مختلف حضور داشتند. مهدی هاشمی نیز، که با توصیه و حمایت کسانی چون آقای منتظری و شهید محمد منتظری مسؤولیت واحد نهضتهای سپاه را بر عهده گرفته بود در این جلسه شرکت داشت. افراد حاضر خدمت امام معرفی می‌‌شدند و هر یک از مسؤولان واحد گزارشی از موضوع، شیوه کار خود و... ارایه کردند. امام گزارشها را شنیده و مطالبی می‌‌فرمودند. مهدی هاشمی، ضمن گزارش خود، به شیوه صدور انقلاب و... اشاره کرد. امام پس از صحبتهای مهدی هاشمی مطالبی را عنوان فرمودند که عمدتاً رد نظرات او بود. لحن امام در عدم تأیید و نارضایتی از او به حدی آشکار و صریح بود که سبب تعجب همگان و ناراحتی مهدی هاشمی شد. در بخش پایانی جلسه، چند تن از حاضران به منظور ارایه گزارش سری از اوضاع کشور نزد امام ماندند. من نیز به عنوان مسؤول واحد اطلاعات سپاه جزء این جمع بودم. امام فرمودند: «مواظب مهدی هاشمی باشید. » . خاطرات سیاسی – ص 26 – به نقل از مسؤول اطلاعات وقت سپاه. (محسن رضائی)