تخصص ویژۀ امام در علوم عقلیه موجب شد که ایشان در همان عنفوان جوانی‌ تنها پاسخگوی اشکالات و شبهات عقلی نسبت به اسلام در حوزه علمیه قم باشند و‌ در آن روز اگر کسی نسبت به مسائل دین اشکالی داشت و برای حل آن به قم رجوع‌ می‌کرد با اینکه علمای زبردست و طراز اول در قم می‌زیستند، او را برای برطرف کردن‌ اشکال و ابهام به حضور امام راهنمایی می‌کردند؛ از جمله در سال 1363 قمری،‌ شخصی به علت شبهاتی که معاندین به او تلقین و تزریق کرده بودند، در ایمان و‌ عقاید دینی خود دچار لغزش شده بود، برای به دست آوردن حقیقت به قم مراجعه و به‌ امام معرفی شد. امام با پشتکار و اهتمام فراوان در مقام رفع شبهات و ابهاماتی که در‌ ذهن آن فرد جا گرفته بود برآمدند و تا آنجا به این کار اهتمام ورزیدند که سه روز درس‌ حوزه را تعطیل نمودند و سرانجام موفق شدند شبهات را از ذهن او بیرون کرده و به راه‌ حق و حقیقت راهبری‌اش کنند.