در حوزۀ مقدسۀ قم افراد خوش نیت ساده فکری بودند که هیچ‌گونه حسن ظنی‌ نسبت به فلسفه، حکمت و عرفان نداشتند. مخالفت آنها و جوّی که ایجاد می‌کردند‌ کافی بود که انسانی را که قائم به امر فلسفه و استدلال بود واقعاً ساقط کند، اما امام با‌ کمال شجاعت با اینگونه تفکر حاکم به نبرد پرداختند، و از جمله دربارۀ ملاصدرا که او‌ را تکفیر کرده بودند ـ تا جایی که کتابهای این مرد بزرگ را در سردابها و دور از انظار‌ بحث می‌کردند ـ می‌فرمودند: «ملاصدرا ما الملاصدرا و ما ادریک ملاصدرا»، و علوم‌ مورد بحث او را که سالها مورد اعتراض مقدسین بود ـ از جمله معاد جسمانی را ـ مورد‌ تأیید قرار دادند و در جواب مقدسین می‌فرمودند که معاد ملاصدرا همان معادی است‌ که یک پیرزن قائل است؛ و بنظر من انقلابی که امام در دفاع از این حجتهای الهی کرد،‌ از انقلاب اسلامی بزرگتر است. امام با مخالفت افراد خواص و ظاهرالصلاح که مبارزه‌ با آنها کار مشکلی است، به سیصد سال توطئه علیه امثال ملاصدرا خاتمه داد.