آیت‌الله خوانساری در تابستان آخرین سال حیاتشان، به همدان رفته بودند و در‌ همان سفر فوت کردند. هنگام انتقال جنازه به قم، امام خمینی به من فرمودند: «گویا آیت‌الله بروجردی تصمیم ندارند که در تشییع جنازه شرکت کنند. شما‌ ملاقات کنید و مواظب باشید که چنین نشود.» سپس من خدمت آیت‌الله بروجردی‌ رسیدم، دیدم بله، حدس ایشان درست است. با ایشان صحبت کردم که: آیت‌الله‌ خوانساری از موسسین حوزۀ علمیه قم هستند و دو ثلث حوزه، ارادتمند ایشان هستند‌ لذا، مصلحت نیست که حضرت عالی بی‌تفاوت باشید. انسان یک بار که بیشتر‌ نمی‌میرد. بالاخره فرمودند چه کنم؟ عرض کردم: عده‌ای را به استقبال جنازه بفرستید.‌ ایشان پیشنهاد بنده را پذیرفتند و عده‌ای را به استقبال جنازه فرستادند. سپس راجع به‌ نماز بر جنازه پرسیدم. فرمودند: شما از حضور من در نماز احساس خطر نمی‌کنید؟‌ البته با وضعی که شهر داشت: همه چیز بهم خورده بود و اوباش و افراد نادان در گوشه‌ و کنار دست به کارهای خلاف می‌زدند، این احتمال قوی بود. اما در عین حال، شرکت‌ نکردن ایشان هم بسیار بد بود؛ لذا، پیشنهاد کردم که شما قبل از آمدن جنازه، در یکی از‌ حجره‌های صحن تشریف داشته باشید. جنازه که آمد، حضرت عالی نماز بخوانید. و‌ بعد از نماز، شما را با مراقبت، به همان جای اول برمی‌گردانند. آن‌جا خواهید ماند تا‌ جنازه را ببرند و مردم، متفرق شوند. ایشان پذیرفتند. خوشبختانه موضوع به خوبی انجام‌ پذیرفت.