در مهرماه سال 1367 آقای محمدعلی انصاری پرسشی را از امام مطرح کرد که در زمانۀ حیات امام قدری ساده به نظر می‌رسید؛ پاسخ امام به‌نام "منشور برادری" در اسناد امام و تاریخ انقلاب به ثبت رسید. آقای انصاری با پیشینة حدود یک دهه حضور فعال در بیت امام، از نزدیک به‌عنوان ناظری در پشت صحنة رفت‌وآمدهای سیاسیون در بیت، از دیدگاه‌های سیاسی و عقیدتی متفاوت و اختلاف مقامات و چهره‌های سیاسی آگاه و باخبر بود و به طرزی مشهود و محسوس یا به‌تعبیر امام، احساسی، اختلاف بین جناح‌ها و گروه‌های سیاسی را مبهم می‌دید و فروتنانه خود را از درک و حل آن ناتوان می‌خواند و محتاج رهبری و راهنمایی امام تلقی می‌کرد تا با راهنمایی خود بر این پردة ابهام، نور روشنی بتاباند.
نکتة مهم و پیشینی دربارة این پرسش و پاسخ این است که پرسش پرسش‌گر و پاسخ امام بیشتر، نه مطلقاً، ناظر بر جناح‌بندی‌ درون حوزویان و روحانیان مدافع انقلاب و نظام است و روایت امام بیشتر بر سرگذشت و سرنوشت اختلافات درون حوزه‌ها متمرکز است و راهنمایی ایشان نیز با اتکا بر وحدت و برادری متوجه روحانیون و رسالت و وظایف آنها است. برهمین‌اساس است که در این متن به مباحث و مسائلی چون تحلیل وضعیت روشنفکران، دانشگاهیان، سیاست‌ورزان و تجویزهایی برای نقش و وظایف آنها در میدان سیاست و حکمرانی که برای مخاطب غیرحوزوی است چندان پرداخته نشده؛ هرچند برای همگان آموزنده و راهنما است.  
زمینه و زمانه منشور 
بازۀ زمانی این پرسش دهة 60 و دورۀ انباشت رخدادهای خُرد و درشت پیش‌بینی‌نشده‌ای است که هرازگاهی زنجیر‌وار و شبکه‌ای از نقطه‌ای در جغرافیای سیاسی کشور و در گسترة سیاسی و فکری و گروهی سربرمی‌آورند و نهال جمهوری اسلامی را تا مرز شکستگی و خُردشدگی پیش‌می‌راندند. ازسوی‌دیگر، دهة 60 به‌تعبیر آقای انصاری دهة ظهور و افول جریانات فکری و عقیدتی و سیاسی فراوان و متنوع بود که با چنگ زدن به جنگ پارتیزانی در مناطق مرزی غربی و جنوبی و شرقی کشور پدیدار شدند و با ترور شخصیت‌های فکری و سیاسی گروه فرقان تداوم یافت و در سال 60 با نبرد مسلحانه و ترور دولت‌مردان و چهره‌های انقلابی نظام توسط گروهای سیاسی به  اوج خود رسید. جنگ، فصل دیگری از این ستیزه‌جویی‌ها برضد انقلاب و جمهوری اسلامی نوپا را بازگشود و کشور را تا مرز تجزیه و تحدیدهای سرزمینی پیش‌راند. 
در جوار و به‌موازات رخداد تهدیدهای وجودی و ملی و امنیتی، تنور اختلافات عقیدتی و سیاسی درمیان جناح‌ها و چهره‌های سیاسی پیرو انقلاب و نظام داغ‌تر و تندتر می‌شد؛ هرکدام خود را برحق می‌خواندند و اندیشه و دیدگاه سیاسی خود را به اسلام نزدیک‌تر قلمداد می‌کردند و دیگری را به بدفهمی، کج‌فهمی و انقلابی نبودن در سیاست و حکمرانی ملقب می‌کردند. 
از یک دیدگاه، آن‌گاه که به انگیزه‌ها و اراده‌های سیاسی و فرهنگی و فکری رهبران این گروه‌ها و جناح‌ها اصالت داده و مورد بازنگری قرار داده شود، بی‌شک باید انگیزه‌ و ارادة آنها را به کسب یا دستیابی به سهمی از قدرت تفسیر و تحلیل کرد، چه درمورد گروهای سیاسی محارب و ستیزه‌جوی با انقلاب و نظام و حتی صدام حسین که تصور می‌کرد می‌تواند در اوضاع نابسامان سیاسی و اقتصادی و نظامی ایران پس از انقلاب به رویاهای فروخفته و ناکام‌ماندۀ خود دست یابد و چه درمورد جریان‌های سیاسی و عقیدتی پیرو انقلاب و نظام که خود را در ارادة خدمت و انگیزة خیرخواهانه خود برای راهبری و مدیریت کشور برحق‌تر از دیگری می‌پنداشتند و می‌پندارند. 
اما وقتی از دیدگاهی بازتر و چشم‌اندازی گسترده‌تر بنگریم، می‌بینیم عامل انگیزه و  اراده، چه باطل و حتی برحق، بدون وضعیت و بافتاری واقعی و عینی مجال بروز نمی‌یابد. حتی عامل خارجی نیز توطئه‌ها و راهبردهای ستیزه‌جویانه را با شناخت و تحلیل عوامل ساخت اجتماعی و فرهنگی و اقتصادی طراحی و اقدام می‌کند. بر این اساس باید فراسوی انگیزه‌ها و اراده‌ها، با اصالت دادن به وضعیت و ساخت سیاسی، اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جامعة در آستانة تأسیس نظام، به تفسیری ژرف‌تر از انگیزه‌ها و سیری باطن‌نگر‌تر از ظاهر رخدادها دست یازید و ریشه‌های تاریخی و فرهنگی وضعیت اختلافات و تضادها را واکاوی کرد. تأویل تاریخی و عمقی از پرسش دربارۀ اختلافات صورت و دریچة دیگری را آشکار می‌کند. 
پیدایش و گسترش این اختلاف‌ها و تضادها در گذار از نظام فروبستة دیکتاتوری به وضعیتِ نسبتاً باز دوران انقلاب (1376 تا 1379) وضعیتی کاملاً طبیعی و پیش‌بینی‌پذیر بود. زیرا ساخت اجتماعی و فرهنگی جامعه ایران درخلال دوران رضاشاه و محمدرضا پهلوی، مبتنی‌بر نظام اداری تمرکزگرا و دارای اقتصادی سیاسی متکی‌بر نفت و بی‌نیاز از کسب مالیات از درآمدهای بخش خصوصی و انحصار و نظام استبدادی سیاسی و تک‌حزبی و همچنین محرومیت‌زایی در مناطق قومی و سرکوب جریان‌های مذهبی، عقیدتی، فرهنگی و سیاسی بود. رهیافت و فرآوردة این هفت دهه، خشمی انباشت‌شده از بی‌عدالتی و ظلم و ستم‌های گوناگون و تقاضاها و نیازها و آرزوهای سرکوب‌شده و کرامت و انسانیت پایمال‌شده بود که کاملاً قابل توجیه‌ و سنجش‌ است. نتایج تداوم این ساخت تماماً فروبسته، نه‌تنها منجربه تشدید و تقویت شکاف میان دولت با شهروندان و گروه‌های سیاسی، فرهنگی و فکری شد بلکه درمیان مخالفان، منتقدان و مبارزان با نظام پهلوی هم به‌دلیل فقدان آگاهی متکی‌بر تجربة زیستۀ حزبی و سیاسی همچنین شکل‌گیری جامعة مدنی در ایران، اختلافات درونی درحال پیدایش و گسترش بود طوری‌که در محافل، مجالس، حسینیه‌ها، دانشگاه و حتی درمیان زندانیان سیاسی این اختلافات و نزاع‌های فرهنگی، فکری، سیاسی و مذهبی نیز نمودار شده بود. هرکدام راه برون‌رفت از وضعیت استبدادی و انسداد فکری و فرهنگی و بافتار مقوم جور و ستم همچنین محرومیت در کشور به‌خصوص مناطق مرزی را در اندیشه و تفکر خود می‌پنداشتند. در جامعة متکثر فرهنگی، قومی و مذهبی مانند ایران نباید ازمنظر رویکرد امنیتی و جامعه‌شناسی پوزیتویستی آنها را گسل و شکاف تلقی کرد. ایران در طول هزاران سال سرزمین تنوع و تکثر فرهنگی، فکری و مذهبی بوده و خواهد بود و این اختلافات امری تاریخی و طبیعی و از منظر رویکرد فرهنگی سرمایه و قوام‌بخش هویت ایرانی_ اسلامی بوده است. در ایران پیش از اسلام و دقیق‌تر تا پیش از دورة نظام تمرکزگرای ساسانی، ساختار سیاسی کشور و حکمرانی براساس این بافت متکتر استوار شده بود و شاه ایرانی شاهنشاه همة شاهان استان‌ها و ساتراپ‌های قومی و فرهنگی در سرزمین‌های پهناور ایران بوده است. در دورة اسلام این تنوع و تکثر، برخلاف مسیحیت که بر استیلای کلیسای روم استوار بود، خود را با ضدیت بر تمرکزگرایی و تأیید شعوب و قبایل انسانی بازسازی کرد و معنی و جانی تازه بخشید. آرای متنوع و متعدد فقها و متکلمان و متفکران اسلامی و پیدایش مکاتب گوناگون مذهبی برآیند همین تفکر و  براساس اصالت دادن به اصل اجتهاد بوده است. اگر ایران مهد و خاستگاه اندیشه، فقه، کلام، فلسفه، عرفان و تفسیر بوده و در جهان اسلام یکتا و یگانه است، ریشة آن، رویش و شکوفایی در سرزمین ایران و تنوع ساختاری و تاریخی فرهنگی است که دارد. بنابراین چیزی به نام گسل و شکاف و گسست فرهنگی در ایران وجود ندارد و این تفسیر و فهم از تنوع فرهنگی معلول اندیشه‌های غیرتاریخی و فرهنگی، احساسی و ظاهربینانه است. 
 اما ارادة باطل در دورة نظام شاه بر این وضعیتِ به‌حقِ اختلافات فرهنگی طوری بود که ثبات و استقرار پایه‌های نااستوار خود را در نگاه و تفسیر امنیتی جست‌وجو و بر تشدید اختلافات و نزاع‌های مذهبی و فرهنگی سرمایه‌گذاری می‌کرد. 
این اختلافات سیاسی و امنیتی‌شده در بستر و وضعیت ناعادلانة عمیق اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی، به دورة تأسیس جمهوری اسلامی سرریز و تلمبار شد و سبب شد تا رهبران و گروه‌های ضدانقلاب، بعضاً به تحریک عوامل خارجی، بر این اختلافات سرمایه‌گذاری کنند و هرکدام خود را به‌عنوان نمایندة بخشی از گروه‌های متنوع و متکثر اجتماعی، سیاسی، نسلی، قومی، زبانی و جنسیتی بازنمایی و بازنمودسازی و براساس دکترین و مانیفست ازپیش‌آمادۀ خود، آنها را ساماندهی و راهبری کنند. این فرایند، ناشی از دیکته کردن ارادة سیاسی باطل یا به‌ناحق خود بر بستر حق پایمال‌شدۀ تاریخی و ستم ساختاری و ترکتازی در این میدان مهیاشدۀ تاریخی بوده است. زمانة انقلاب و بی‌سامانی گذر از فروپاشی نظم سیاسیِ گذشته به نظم درحال شکل‌گیریِ جمهوری، حفره‌‌ای ایجاد کرده بود که نه رهبران و مدیران جمهوری توان و مجال مدیریت آن را داشتند و نه خطابه و سخنرانی به‌راحتی اقناع افکار همگانی می‌کرد. 
در سویه و قلمرو جناح‌ها و گروهای عقیدتی و سیاسی پیرو انقلاب و نظام نیز صورت مسئله اساساً به‌گونه‌ای دیگر بود. از مشروطیت، اگر نخواهیم مقیاس زمانی را پیش‌تر و درازتر فرض کنیم، جناح‌های مذهبی و شیعی نیز براساس همان گرایش‌های متنوع و متعدد حوزوی، در تحلیل، فهم و درکِ نسبتِ سیاست و دین همبسته و یکپارچه نبودند و میدان سیاست را با میدان حوزه یکی انگاشته بودند. اختلاف نمادین میان آیت‌الله شیخ فضل‌الله نوری با آیت‌الله نائینی، مدرس با رضاشاه، کاشانی با مصدق، شریعتی با شیخ قاسم اسلامی، مطهری با اخباریان، مدرسة حقانی با بهشتی، فدائیان اسلام با نهضت آزادی، سازمان مجاهدین با هیئت مؤتلفه، مذهبی‌ها با مارکسیست‌ها و... بخشی از تاریخ واقعی و جامعِ اختلافات مذهبی و عقیدتی بوده است و هرکدام می‌کوشیدند گروهی از اقشار مذهبی، اجتماعی و فکری را راهبری کنند. اما این اختلافات عقیدتی و تفسیری از اسلام و جامعه و جهان، در حوزه‌ها، مراکز سخنرانی و درس‌های عقیدتی و اسلام‌شناسی محصور مانده بود. میدان این اختلافات، میدان نخبه‌گرایی و حوزوی و علمی بود و اقشار جامعه را درگیر نمی‌کرد و زندگی روزمره و تجربة زیستة روزمرة آنها را مختل یا درگیر نمی‌ساخت. 
انقلاب اسلامی و به‌خصوص تأسیس نظام جمهوری اسلامی و شعارهای «استقلال، آزادی، جمهوری اسلامی»، این اختلافات فروبسته در حصارهای حوزوی و محافل روشنفکری را آشکار کرد و برای نخستین بار احساس شد که تفسیر از اسلام، دین، دولت، سیاست و مردم به زندگی شهروندان پیوند خورده و وابسته شده است. در چهار دهة گذشتۀ جامعة ایران، ماجرای چرایی و چیستی و چگونگی این اختلافات و تضادها با ماجرای سیاست و دولت، دگرگون شد. تاریخ اختلافاتِ طبیعی و بدیهی و سازندة درون حوزه‌ها و محافل عقیدتی و مذهبی به صحن دولت و مجلس و به قلمرو رسانه‌ها گسترش یافت و صحنة زندگی روزمره به میدان اختلافات و تضادهای سیاسی و عقیدتی بدل گشت آن‌هم نه با زبان آمیخته به مدیریت و سیاست بلکه با زبان دینی (شرک، شریعت، کفر، قشری‌گری) و انقلابی (لیبرال، مارکسیست، آزادی‌خواه).  
بنابراین اختلافاتی که مقوم هویت ایرانی_ اسلامی و موجب رونق و شکوفایی حکمت و آگاهی بوده، علت نیست خود، معلولِ عامل دیگری است که امام در منشور موسوم به برادری کوشید تا آن را تبیین و راهبرد بدل نشدن آن به ابزار تخریب و تحدید برای جمهوری اسلامی تجویز کند.               

راهبرد منشور حکمرانی با هدف نوسازی
در چارچوب تحلیل تاریخی و فرهنگی اختلافات و تضادهای عقیدتی و فکری که میراث تاریخی پیش از انقلاب است، پرسش‌ آقای انصاری معنادارتر و مشهودتر می‌شود که با گسترده‌تر شدن دامنة این اختلافات سرانجام به کجا می‌انجامد و حق با کیست؟ پرسش دوم برای آقای انصاری ایهام و شگفتی مشی امام در برخورد با این جریانات به‌اصطلاحِ آن زمان، چپ و راست و به‌تعبیر امروزی و در نگاهی کلان‌تر، اصلاح‌طلب و اصول‌گرا بود که امام گاهی ازیک‌طرف، افراد جامعة مدرسین یا سازمان تبلغات (جناح راست) را تأیید می‌کند و ازطرفی‌دیگر افراد دفتر تبلیغات (جناح چپ) و گاهی شورای نگهبان (جناح راست)، گاهی شورای مصلحت (جناح چپ)، گاهی آقای محتشمی‌پور و آقای نخست وزیر (جناح چپ) و گاهی هم آقای ناطق‌نوری و آقای آذری قمی (جناح راست). 
پاسخ امام به این پرسش‌ها، پاسخی تحلیلی و تاریخی و نیز تجویزی و راهبردی است. برای فهم دقیق‌تر این متن باید آن را از پایان به آغاز بازخوانی کرد. امام مقدماتی را شرح و بسط می‌دهد تا نتیجۀ منظورِنظر خود را بیان کند. عبارت زیر جملة کلیدی این متن است که عنوان (منشور برادری) نیز از آن، البته ناقص، گرفته شده است: 
"من باز سفارش می‌کنم کشور ما در مرحلة بازسازی و سازندگی به تفکر و به وحدت و برادری نیاز دارد."
این عبارت که بر باز سفارش می‌کنم، توجه دارد، چکیدة محتوای متنی است که به منشور برادری رایج و شناخته شده است، اما به‌واقع اصول راهنمای بازسازی و سازندگی کشور با تکیه بر سه اصل تفکر، وحدت و برادری است. متن، تنها منشور برادری نیست بلکه منشور تفکر، وحدت و برادری برای نوسازی کشور و اصول حکمرانی است. امام در این متن، نقش یک فقیه و متفکر حوزوی را ایفاء نمی‌کند. زیرا هر فقیه و متکلم و فیلسوفی در بحث و درس هیچ مقصودی و دلبستگی و پای‌بندی ندارد الا خود موضوع بحث. اما برای امام، اصول تفکر و وحدت و برادری موضوعیت ندارد بلکه طریقیت دارد و قصد غایی‌اش بازسازی و توسعۀ کشور است. به همین دلیل امام پرسش سادة آقای انصاری را چنان شرح و بسط می‌دهد تا اصول حکمرانی را از آن استنتاج کند. نکتة عجیب این است که اصل تفکر در شرح و تفسیرهای بعدی از منشور غایب است و شاید آن را بدیهی می‌انگاشتند. درحالی‌که هم در متن جایگاهی مهم دارد و هم در روند تحولات سیاسی ایران در دهه‌های گذشته نکته‌ای کلیدی و بنیادی است. 
بنابراین، متن منشور باید براساس چکیدة متن و اصول مصرّح در آن بازخوانی و تفسیرِ به‌روز شود. تفسیری که از پنجرة آن شاید بتوان وضعیت کنونی را واکاوی و بازنگری کرد. 
این سه اصل در واقع در سال‌های پایانی دورة حیات، نوعی تجربة نهایی از مسائل و وضعیت کشور در دورة نوسازی است. این سه اصل درعین تمایز و تفاوت، همبستگی و پیوند متقابل و دیالکتیک با هم دارند و بدون یکی، دیگر اصول هم بی‌معنا و خنثی می‌شوند. تفکر منهای وحدت، آمیختگی معنای حوزه و دانشگاه با دولت و حکمرانی است. وحدت منهای تفکر و برادری، انسجام و همبستگی بی‌روح و قالبی و اردوگاهی است. تفکر و وحدت هم بدون برادری، عقلانیت خودبنیاد و ناتعاملی و حذف دیگری و وحدت سرد و دستوری است. از این منظر، این سه اصل را باید در یک ساخت کلی، یکپارچه و شبکه‌ای با یک هدف مشخص یعنی نوسازی تفسیر کرد:
1.    تفکر: بنیاد نظری و عقلانی نوسازی؛
2.    وحدت: چارچوب انسجام سیاسی؛
3.     برادری: روح حاکم بر روابط انسانی. 
1. اصل نخست: تفکر؛ زیربنای نظری و عقلانی نوسازی
امام در این متن، "تفکر" را سرآغاز نوسازی و حکمرانی جمهوری اسلامی برمی‌شمارد. در اینجا تفکر به معنای خاص آن "تفکر بنیادین" و  "عقلانیت نوسازی" است. نوسازی بدون تفکر و اندیشیدن به جهان و تحولات آن، پیشرفت‌ها و توسعة صنعتی و اقتصادی و مقتضیات زمانه به‌مثابة موضوعات مستحدثۀ امکان‌پذیر نیست. باتوجه‌به مخاطب خاص این متن و براساس فهمی که از آن استنتاج می‌شود، امام ضمن تأکید بر اختلافات تاریخی و طبیعی درون حوزه‌ها به‌گونه‌ای یادآور می‌شود که زمانه و زمینة پس از انقلاب با زمانه و زمینة اجتهاد مصطلح گذشته در حوزه‌ها خیلی دگرگون شده است و با تفکر و اندیشیدن حوزویان به این موضوعات می‌توان شکاف میان گذشته و حال و آینده را پُر و کاستی‌ها را جبران کرد. به عبارتی "تفکر به‌مثابة اجتهاد" را تنها راه تحقق راهبرد بنیادی نظری و عقلانی برای نوسازی و برون‌رفت از وضعیت نامطلوب به مطلوب ترسیم می‌کند. 
امام در ابتدا به تاریخ اختلافات فقهی در محیط درس، بحث، مدرسه و در کتاب فقهی که "پر از اختلاف نظرها، سلیقه‌ها و برداشت‌های حتی در موضوعات اجماعی، صرف‌نظر از اختلافهای اخباری‌ها و اصولی‌ها" است اشاره می‌کند و این موارد را خلاف حق و دین برنمی‌شمارد و در ادامه می‌افزاید:
 "اما امروز با كمال خوشحالي به‌مناسبت انقلاب اسلامي، حرف‌هاي فقها و صاحب‌نظران به راديو و تلويزيون و روزنامه‌ها كشيده شده است، چراكه نياز عملي به اين بحث‌ها و مسائل است."
امام حدود 50 موضوع ریز مستحدثه را نام می‌برند که محورهای کلی آن شامل بخش‌های اقتصاد، تجارت، مالکیت، فرهنگی و هنری، آزادی فردی و اجتماعی، محیط زیست، پزشکی و پیوند اعضاء، معادن، تغيير موضوعات حرام و حلال و توسيع و تضييق بعضي از احكام در ازمنه و امكنة مختلف، مسائل حقوقي و حقوق بين‌المللي، مسئلۀ زنان، و در نهایت "تعيين حاكميت ولايت فقيه در حكومت و جامعه" است. 
ایشان تصریح می‌کنند که :
"همة اين‌ها گوشه‌اي از هزاران مسئلۀ مورد ابتلاي مردم و حكومت است كه فقهاي بزرگ درمورد آن‌ها بحث كرده‌اند و نظراتشان با يكديگر مختلف است و اگر بعضي از مسائل در زمان‌هاي گذشته مطرح نبوده است و يا موضوع نداشته است، فقها امروز بايد براي آن فكري بنمايند." و تأکید می‌کنند که برای حل این مسائل "اجتهاد مصطلح در حوزه‌ها كافي نمي‌باشد".
از این منظر، امام در مبانی فکری و نظری تأسیس جمهوری اسلامی با هدف برنامه‌ریزی برای منفعت جامعة اسلامی ایران بر گشودگی باب اجتهاد و الزامات و مقتضیات آن تأکید می‌کنند و می‌نویسند:
"لذا در حكومت اسلامي هميشه بايد باب اجتهاد باز باشد و طبيعت انقلاب و نظام همواره اقتضا مي‌كند كه نظرات اجتهادی‌_ فقهي در زمينه‌هاي مختلف، ولو مخالف با يكديگر آزادانه عرضه شود و كسي توان و حق جلوگيري از آن را ندارد، ولي مهم شناخت درست حكومت و جامعه است كه براساس آن نظام جمهوري اسلامي بتواند به نفع مسلمانان برنامه‌ريزي كند كه وحدت رويّه و عمل ضروري است و همين‌جا است كه اجتهادِ مصطلح در حوزه‌ها كافي نمي‌باشد، بلكه يك فرد اگر اعلم در علوم معهود حوزه‌ها هم باشد، ولي نتواند مصلحت جامعه را تشخيص دهد و يا نتواند افراد صالح و مفيد را از افراد ناصالح تشخيص دهد و به‌طوركلي درزمينۀ اجتماعي و سياسي فاقد بينش صحيح و قدرت تصميم‌گيري باشد، اين فرد در مسائل اجتماعي و حكومتي مجتهد نيست و نمي‌تواند زمام جامعه را به دست گيرد."
امام خصوصیات تفکر حکمرانی را از سطح علوم معهود حوزه‌ها فراتر می‌برد به‌طوری‌که تشخیص و بینش مصلحت جامعه و درک و فهم وضعیت اجتماعی و سیاسی همچنین قدرت تصمیم‌سازی و مدیریت را شروط زمام‌داری و حکمرانی برمی‌شمارد و بر آنها تأکید می‌ورزد. 
اصل دوم: وحدت؛ چارچوب انسجام سیاسی
وحدت با مفهوم برادری تمایز و مرزی باریک دارد. وحدت به معنای هماهنگی، یکپارچگی و انسجام نهادها و اشخاص در کنار هم برای رسیدن به هدفی مشترک است. این مفهوم بیشتر جنبۀ ساختاری و صوری دارد. وحدت می‌تواند میان افرادی برقرار باشد که الزاماً عواطف عمیقی نسبت به هم ندارند، اما در یک چارچوب مشترک با یکدیگر همکاری می‌کنند. 
از این منظر، امام به اصل دوم می‌پردازد:
"اما شما بايد توجه داشته باشيد تا زماني كه اختلاف و موضع‌گيري‌ها در حريم مسائل مذكور [اجتهاد حوزوی] است، تهديدي متوجه انقلاب نيست. اختلاف اگر زيربنايي و اصولي شد، موجب سستي نظام مي‌شود و اين مسئله روشن است كه بين افراد و جناح‌هاي موجود وابسته به انقلاب اگر اختلاف هم باشد، صرفاً سياسي است، ولو اينكه شكل عقيدتي به آن داده شود، چراکه همه در اصول با هم مشترکند و به همین خاطر است که من آنان را تأیید می‌نمایم. آنها نسبت به اسلام و قرآن و انقلاب وفادارند و دلشان برای کشور و مردم می‌سوزد و هرکدام برای رشد اسلام و خدمت به مسلمین طرح و نظری دارند که به عقیدة خود موجب رستگاری است. اکثریت قاطع هر دو جریان می‌خواهند کشورشان مستقل باشد."
امام ضمن تأیید دیدگاه جناح‌های درون نظام برای نوسازی کشور، دلیل اختلاف را چنین توضیح می‌دهند:  
"پس اختلاف بر سر چیست؟ اختلاف بر سر این است که هر دو عقیده‌شان این است که راه خودشان باعث رسیدن به این همه [نوسازی و رستگاری] است."
امام معنای وحدت را انتزاعی، کلی و مفهومی بیان نمی‌کند بلکه معیارها و میزان سنجش وحدت و اصول آنها را نشان می‌دهد و بر سه اصل "اسلام، قرآن و انقلاب" به‌مثابة اصول وحدت تأکید می‌ورزند. درواقع نیت و قصد خیرخواهی متحد جناح‌ها برای نوسازی کشور وضعیت ثبوتی دارد اما برای تداوم و تحکیم این وحدت این شروط اثباتی را برمی‌شمارند. به‌عبارت‌دیگر، خود مفهوم و موضوع وحدت می‌تواند موضوع اختلاف میان جناح‌ها باشد و امام برای رفع این اختلاف بینادی دربارة وحدت تعریف مضیّق و مقیّدی را پیش‌ می‌کشد تا خود وحدت در اختلافات سیاسی تهی و دستخوش بی‌معنایی نشود. این اصول حداقلی و ضروری یعنی اسلام و قرآن و انقلاب قابل تفسیر و تأویل چندانی نیستند؛ زیرا مصداق آنها کاملاً روشن و صریح است و قابل اجتهاد جناحی و سیاسی نیستند. این اصول کلی و محدود، مستعد دربرگیری و فراگیری تعداد کثیری از گروه‌های سیاسی و جناحی با عقاید متنوع و متکثر است و به‌این‌ترتیب، میدان وحدت را فراخ‌تر و گستردگی تنوع عقیدتی و مذهبی در سرزمین ایران را توسعه می‌دهد. براین‌اساس وحدت و تحقق انسجام و یکپارچگی سیاسی درمیان جناح‌ها سیاسی و روحانی مستلزم رعایت این سه ملاک و معیار است تا  زمینه ساختاری و ضروری برای نوسازی و توسعة کشور همچنین مصلحت و منافع اقتصادی و اجتماعی و فرهنگی مردم فراهم شود.  
امام مسیر این وحدت را وحدت نظری و عقیدتی نمی‌داند و هیچ گروه و جناحی را بر دیگری مرجح و اصلح نمی‌داند و خودی و غیرخودی قلمداد نمی‌کند: 
"اگر آقایان از این دیدگاه که همه می‌خواهند نظام و اسلام را پشتیبانی کنند به مسائل بنگرند، بسیاری از معضلات و حیرت‌ها برطرف می‌گردد. ولی این بدان معنا نیست که همه افراد تابع محض یک جریان باشند. با این دید گفته‌ام که انتقاد سازنده معنایش مخالفت نبوده و تشکل جدید [روحانیون مبارز] مفهومش اختلاف نیست. انتقاد بجا و سازنده باعث رشد جامعه می‌شود. انتقاد اگر به‌حق باشد، موجب هدایت دو جریان می‌شود. هیچ کس نباید خود را مطلق و مبرّای از انتقاد ببیند. البته انتقاد غیر از برخورد خطی و جریانی است. اگر در این نظام کسی یا گروهی خدای‌ناکرده بی‌جهت در فکر حذف یا تخریب دیگران برآید و مصلحت جناح و خط خود را بر مصلحت انقلاب مقدم بدارد، حتماً پیش از آنکه به رقیب یا رقبای خود ضربه بزند، به اسلام و انقلاب لطمه وارد کرده است."
امام در بخش نخست (تفکر)، جنبة ایجابی و سازندة وحدت را تشریح کردند و در ادامه جنبة سلبی آن را توضیح می‌دهند که ملاک سلبی و انکاری وحدت، طرد و حذف و انکار دیگری است. درواقع هیچ جناحی از روحانیان در دایرة ایجابی وحدتِ متکی بر سه اصل اسلام، قرآن و انقلاب بر دیگری مرجح نیست و وحدت به معنای وحدت نظری و فکری و کلمه نیست. 
اصل سوم: برادری؛ روح حاکم بر روابط انسانی 
اگر وحدت انسجام ساختاری و صوری و اجتماعی به‌ضرورت تحقق هدفی مشخص و قابل دسترس است، برادری روح این انسجام صوری و اعتلا و تعمیق آن است. برادری، قلمروی محدودتر اما عمیق‌تر دارد. برادری بیشتر در دوستی و درمیان گروه‌های هم‌کیش معنا پیدا می‌کند. برادری فراتر از منافع مشترک، بر "ارزش‌های مشترک" استوار است. در برادری، روابط، جنبۀ وجودی و هویتی دارد، نه صرفاً ابزاری و کارکردی. وحدت بدون برادری، به «ائتلافی سرد و موقت» تبدیل می‌شود. وقتی وحدت براساس عقیده باشد، قابل تفسیر و نفی است. اما اگر وحدت با برادری عجین شود، پایدار و مقاوم خواهد بود. برادری وحدت احساسی و خُلقی و عاطفی و دوستانه است. برادری بدون وحدت، به «عواطف پراکنده و بی‌اثر» تبدیل می‌شود. برادری وحدت انفسی است درحالی‌که وحدت محض، وحدت اجتماعی و بیرونی است. 
در منظومۀ فکری امام وحدت، انسجام جسم و پیکر حکمرانی و جامعۀ اسلامی است و برادری، «روح» آن.  همان‌طورکه جسم بدون روح، پیکری مرده است، وحدت بدون برادری نیز جامعه‌ای خشک و سرد می‌سازد. و همان‌طورکه روح بدون جسم، قوام و بقایی ندارد، برادری بدون وحدت نیز بی‌سامان و ناپایدار است.
برادری به‌مثابۀ روح این پیکر، ضمانت اجرایی عاطفی و اخلاقی نوسازی است؛ تضمینی که مردم نه ازسر اجبار که ازسر محبت و ایمان در فرآیند سازندگی مشارکت کنند. اگر وحدت نباشد، برادری به پراکندگی می‌انجامد و وحدت به اتحادی سرد و بی‌روح تبدیل می‌شود که طوفان مشکلات آن را ازهم‌می‌پاشد.
برهمین‌اساس منشور برادری امام به وحدت برادرانه توصیه می‌کند:
"درهرحال یکی از کارهایی که یقیناً رضایت خداوند متعال در آن است، تألیف قلوب و تلاش جهت زدودن کدورت‌ها و نزدیک ساختن مواضع خدمت به یکدیگر است. باید از واسطه‌هایی که فقط کارشان القای بدبینی نسبت به جناح مقابل است پرهیز نمود. شما آن‌قدر دشمنان مشترک دارید که باید با همه توان در برابر آنان بایستید، لکن اگر دیدید کسی از اصول تخطی می‌کند، در برابرش قاطعانه بایستید. البته می‌دانید که دولت و مجلس و گردانندگان بالای نظام هرگز اصول و داربست‌ها را نشکسته‌اند و از آن عدول نکرده‌اند. برای من روشن است که در نهاد هر دو جریان اعتقاد و عشق به خدا و خدمت به خلق نهفته است. با تبادل افکار و اندیشه‌های سازنده مسیر رقابت‌ها را از آلودگی و انحراف و افراط و تفریط باید پاک نمود."
امام برمبنای همین مشرب اخلاقی و عرفانی خود بر نکته دیگری هم اصرار می‌ورزد: 
البته یک چیز مهم دیگر هم ممکن است موجب اختلاف گردد_ که همه باید از شرّ آن به خدا پناه ببریم_ که آن حُبّ نفس است که این دیگر این جریان و آن جریان نمی‌شناسد."