[آقاى خامنه‌اى، رئيس جمهور، طى نامه‌اى به محضر امام خمينى اعلام داشت: ... پيشنهاد مشخص اينجانب كه قبلاً نيز كتباً و شفاهاً معروض گرديده، اين است كه : 1ـ كليه امور مربوط به نيروهاى مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمرى اعم از عمليات، پشتيبانى، امور سازمانى و ادارى و غيره به شخص واحدى مفوض و محول گردد. 2ـ شخص مزبور از سوى حضرتعالى موظف گردد كه امور را از نزديك و با قاطعيت تمشيت كند. 3ـ دادگاه نيروهاى مسلح موظف گردد كه در تعقيب قضايى متهمين و اجراى محكوميتها به طور كامل از نظر و دستور وى تبعيت كند. با توجه به همۀ جوانب، به نظر اينجانب، تنها فرد مناسب براى تصدى اين مسئوليت مهم، جناب آقاى هاشمى رفسنجانى است. امام خمينى در پاسخ چنين مرقوم فرمودند:] بسم‌اللّه‌الرحمن الرحيم جناب حجت الاسلام آقاى حاج شيخ على اكبر هاشمى رفسنجانى ـ دامت افاضاته با توجه به درگيرى روياروى امريكاى جهانخوار عليه اسلام و ايران و هماهنگى غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامى و جلوگيرى از پيروزى اسلام، به پيشنهاد رئيس جمهور محترم، جناب حجت الاسلام آقاى خامنه‌اى ـ دامت افاضاته‌ـ جنابعالى را با تمام اختيارات به جانشينى فرماندهى كل قوا منصوب مى‌نمايم. و جنابعالى موظف به اجراى دستورات ذيل مى‌باشيد: 1ـ ايجاد ستاد فرماندهى كل تا تهيۀ زمينۀ وحدت كامل. 2ـ هماهنگى كامل ارتش، سپاه، بسيج و نيروهاى انتظامى در تمامى زمينه‌هاى دفاع مقدس اسلام. بديهى است انسجام و ادغام مورد قبول و صحيح ادارات و سازمانهاى مربوط و پشتيبانى كننده در هماهنگى نيروهاى مسلح نقش اساسى را دارا خواهند بود. 3ـ تمركز صنايع نظامى و تهيۀ مايحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امكانات تعميراتى، پشتيبانى، فنى، مهندسى، رزمى، آموزشى و تحقيقاتى و نيز بسيج همۀ امكانات و ابزار در جهت اهداف مشخص از سوى فرماندهى كل. 4ـ سعى در استفادۀ هر چه بهتر از امكانات و نيروها؛ و جلوگيرى از به كار گرفتن امكانات مادى و معنوى در غير موارد ضرورى. و در همين راستا، حذف يا ادغام سازمانها و تشكيلات تكرارى و غيرضرورى. 5ـ تمركز امور تبليغى و فرهنگى نيروهاى مسلح در تمام زمينه‌ها. 6ـ استفادۀ درست و قاطع از قوانين دادگاه نظامى در زمان جنگ و تنبيه متخلف در هر رده. 7ـ بهره‌بردارى صحيح از كمكهاى مردمى در تمامى زمينه‌ها. قواى مقننه و اجراييه و قضاييه موظفند تمامى امكانات و سياستهاى خود را در جهت نيازهاى جنگ به كار گيرند. از مردم عزيز ايران و نيروهاى نظامى و انتظامى مى‌خواهم تا با صبر و شكيبايى انقلابى و با قدرت و استقامت در مقابل توطئه‌هاى استكبار جهانى ايستادگى نمايند؛ و مطمئن باشند كه پيروزى از آنِ صابران است. جهان امروز غرق در نامردميها و حيله‌هاست؛ و شما ياران اسلام در اوج قداست و شرافت مى‌باشيد. من به همۀ شما دعا مى‌كنم، خداوند يار و پشتيبان مبارزانِ راه خدا باد. توفيق جنابعالى را از خداى تعالى مسئلت دارم. والسلام عليكم و رحمة‌اللّه‌. روح اللّه‌الموسوى الخمينى